Ouvrages :

• Le Jansénisme. Entre hérésie imaginaire et résistance catholique, Cerf, 1996
• Les Amis de l'Oeuvre de la Vérité. Jansénisme, miracles et fin du monde au XIXe siècle, Presses universitaires de Lyon, 1998
• Les marges du christianisme. " Sectes ", dissidences, ésotérisme (Dir.), t.10 du Dictionnaire du monde religieux dans la France contemporaine (J.M.MAYEUR et Y.M.HILAIRE dir.), Beauchesne, 2001, LII + 279p.
• Le jansénisme. Entre hérésie imaginaire er résistance catholique (XVIIe-XIXe siècle), Paris, Cerf, coll.Bref, 1996, 126p.
• Les Amis de l’œuvre de la Vérité. Jansénisme, miracles et fin du monde au XIXe siècle, Lyon, P.U.L., 1998, 186p.
• ​Des "sectes" dans la France contemporaine. 1905-2000. Contestations ou innovations religieuses?​, Toulouse, Privat, coll. Hommes et communautés, 2004, 157 p.
• La Séparation de 1905. Les hommes et les lieux, dir. en collaboration avec D.MOULINET (actes du colloque de Lyon de janvier 2004), Paris, L’Atelier, coll. Patrimoine, 2005, 271p.
• 1905. Séparation des Eglises et de l’Etat. La réception à Lyon, en France et en Europe, dir. (10e rencontres de Gadagne, décembre 2005), Lyon, Musée Gadagne, 2006, 131p.
• Le régime concordataire français. La collaboration des Eglises et de l’Etat, 1802-1905, Paris, Beauchesne, coll. Bibliothèque Beauchesne,2010, 299 p.
• Catholiques malgré Rome. Des croyants infidèles en France. XIXe-XXIe siècle, Paris, Cerf, 2022, 373 p.
• La Famille. Une dissidence catholique au coeur de Paris. XVII-XXIe siècle, Paris, PLein jour, 2022, 171 p.

Articles :

• « la loi de 1905 en Beaujolais : une séparation apaisée ? », in M.WORONOFF dir., La Séparation en province, Paris, Akademos, Institut de France-Conférence nationale des Académies des Sciences, Lettres et Arts, 2005, p.139-152.
• « Les cultuelles : des catholiques contre Rome ? », in J.-P. CHANTIN et D.MOULINET dir., La Séparation de 1905. Les hommes et les lieux, op. cit., p.109-123.
• « La Séparation à Lyon : l’affaire de la cultuelle Saint-Georges », in J.-P.CHANTIN et D.MOULINET dir., 1905. Séparation des Eglises et de l’Etat. La réception à Lyon, en France et en Europe, op. cit., p.109-123.
• « Les groupes dissidents et la Séparation », in Bulletin de la Société de l’Histoire du protestantisme Français, 10-11-12/2005, p.633-648.
• « La réception des premières Semaines Sociales dans la presse (1904-1914) », avec D.MOULINET, in J.-D. DURAND dir., Les Semaines Sociales de France, 1904-2004, Parole et Silence, coll. Pages d’Histoire, 2006, p.227-246.
• « La tradition éducative port-royaliste, XVIIIe-XIXe siècle », in C. SORREL dir., Education et religion, XVIIIe-XXe siècles, Université de Savoie, 2006, p.45-56.
• « Les sectes en France. Quel questionnement sur la laïcité ? », in P.WEIL dir., Politiques de la laïcité au XXe siècle Paris, P.U.F., 2007, p.553-569.
• « Sectes et religions », in Cahiers Français, n°340, 09-10/2007, p.54-59.
• « Théologies sauvages ? Les ‘Nouveaux Mouvements religieux ‘ et leurs discours sur le divin », in D. AVON et M.FOURCADE dir., Un nouvel âge de la théologie ? 1965-1980, Paris, Karthala, coll. Signes des temps, 2009, p.301-316.>
• « L'Etat et les ‘sectes ‘: une information laïque ? », in Marc Agostino, François Caadilhon, Jean-Pierre Moisset et Eric Suire dir., Les religions et l'information XVIe-XXIe siècles, Bordeaux, Presses universitaires de Bordeaux, 2011, p.57-69.
• "Les Témoins de Jéhovah, de tracts en brochures", in Philippe MARTIN dir., Ephemera catholiques. L'imprimé au service de la religion, Paris, Beauchesne, coll. Bibluiothèque Beauchesne, 2012, p. 369-383.
• "La liturgie au service de la dissidence? L'Eglise catholique française de l'abbé Chatel (1831-1832), Chrétiens et sociétés XVIe-XXIe siècles, n°18, 2011, p. 91-104
• "Aux marges du catholicisme français", in Bruno DUMONS et Christian SORREL dir., Le catholicisme en chantiers. France, XIXe-XXe siècles, Rennes, PUR, 2012, p. 247-260
• "René Taveneaux et les 'Permanences jansénistes au XIXe siècle'", in Gilles DEREGNAUCOURT, Yves KRUMENACKER, Philippe MARTIN et Frédéric MEYER dir., Dorsale catholique, jansénisme, dévotions. XVIe-XVIIIe siècles. Mythes, réalités, actualité historiographique, Paris, Riveneuve éditions, 2014, p. 163-178
• "XVIe-XIXe siècles. Tous les chemins ne mènent pas à Rome", Le Monde des religions hors-série, "Les sectes et les nouveaux mouvements religieux", n°22, juin 2014, p. 22-25.
• "La visite aux ruines de Port-Royal au début du XIXe siècle", in Luc CHANTRE, Paul D'HOLLANDER et Jérôme GREVY dir., Politiques du pélerinage du XVIIe siècle à nos jours, Rennes, PUR, 2014, p. 131-143.
• "Cent ans après. Unigenitus dans les controvereses autour du jansénisme (1802-1830)", in Olivier ANDURAND et Sylvio HERMANN de FRANCESCHI dir., 8 septembre 1713. Le choc de l'Unigenitus, Chroniques de Port-Royal n°64, Paris, Société des Amis de Port-Royal, 2014, p. 323-337.
• "Qu'est-ce qu'être port-royaliste au XIXe siècle?", in Chroniques de Port-Royal​, n°65, "Port-Royal au XIXe siècle", 2015, p. 23-36.
• "Laïcité et actualité", Histoire, Monde et Cultures religieuses, n°33, mars 2015, p. 127-129.
• "Un combat d'un autre temps? Fesch et la lutte contre les jansénistes", in Paul CHOPELIN et Jean-Dominique DURAND dir., Le cardinal Joseph Fesch, archevêque de Lyon, Mila, Silvana Editoriale, Journées d'études de Gadagne, 2015, p.53-59.
• "La dissidence catholique aux XIXe et XXe siècles", in Jean-Pierre ALBERT, Anne BRENON et Pilar JIMENEZ dir., Dissidences en Occident des débuts du christianisme au XXe siècle, Toulouse, PU du Mirail, 2015, p. 119-124.
• "Lorsque l'Etat français ne reconnait pas tous les cultes: les dissidences chrétiennes dans le régime concordataire français", in Ivan JABLONKa, Nikolas JASPERT, Jean-Philippe SCHREIBER et John TOLAN dir., Religious minorities, integration and the State, Turnhout, Brepols, 2016, p. 207-214.
• "Le Petite Eglise de Lyon est-elle une minorité religieuse?", in Jean-Dominique DURAND dir, Les minorités religieuses à Lyon (XVIe-XXe siècles), Journées d'étude de Gadagne, Silviana Editoriale, 2016, p. 35-39.
• "L'alimentation dans les groupes religieux en marge depuis 1945, entre identité et sécularisation", in Paul AIRIAU dir., Nourritures terrestres: alimentation et religion, LAHRHA, Mémoires n°29 de Chrétiens et sociétés, 2016, p. 101-120.
• "Le religieux dans la rue. Promenade cultuelle et culturelle à Villefranche-sur-Saône", in Bulletin de l'Académie de Villefranche et du Beaujolais, n°40, 2017, p. 68-77.
• Articles "Apparitions", "Medjugorge", "Voyants" et 'Sectes" dans Fabienne HENRYOT et Philippe MARTIN dir., Dictionnaire historique de la Vierge, Paris, Perrin, 2017.
• "La laïcité en milieu hospitalier et dans les structures sociales et médico-sociales", HMC, n°41, mars 2017, p. 111-118.
• "A la recherche d'évêques constitutionnels jansénistes" in Paul CHOPELIN dir., Gouverner une Eglise en Révolution. Histoires et mémoires de l'épiscopat constitutionnel, Lyon, Chrétiens et sociétés, 2017, p. 219-240.
• "Enquêter en Dombes (1823)", in Boris KLEIN, Philippe MARTIN et Sébastien ROMAN dir., L'Europe des superstitions. Une anthologie: XVIe-XXe siècle, Paris, Cerf, 2020, p. 395-400.